Trong chiến tranh Ả Rập-Israel 1948, Jordan đã chìếm Đông Jerusalem, trong đó có núi Ôliu, cho tới cuộc chiến tranh Ả Rập-Israel 1967. Trong thời gian này, Jordan đã sáp nhập phần thành phố họ chiếm vào lãnh thổ của mình, nhưng chỉ được vương quốc Anh và Pakistan công nhận. Jordan đã tự buộc mình phải cho phép "tự do lui tới các nơi linh thiêng, cơ sở văn hóa và sử dụng các nghĩa trang trên núi Ôliu" trong khuôn khổ của Hiệp định đình chiến 1949 ngày 3 tháng 4 (1949), tuy nhiên họ đã không tôn trọng nghĩa vụ này.

Từ cuối năm 1949 – và suốt thời kỳ Jordan chiếm đóng – các cư dân Ả Rập đã nhổ các bia mộ lên và cày đất ở các nghĩa trang (trên núi), trong khi các bộ xương (tử thi) bị quăng rải rác khắp nơi. Ước tính có khoảng 38.000 bia mộ bị đập tan hoặc hư hại. Các bia mộ người Do Thái trên núi, cả cũ và mới, được người Jordan sử dụng vào nhiều mục đích khác nhau, trong đó có việc dùng để lát sàn các nhà xí, và làm đá lát đường. Trong thời kỳ này, bốn con đường được lát đá qua các nghĩa trang, trong quá trình phá hủy các ngôi mộ, kể cả của những người nổi tiếng. Các tòa nhà, trong đó có khách sạn Liên lục địa và trạm khí đốt, được dựng lên bên trên các ngôi mộ cũ.[10]